Mohačka bitka (1526.) bila je ključni događaj u kojem je vlast kraljevske kuće Jagelovića propala smrću kralja Ludovika II. Otomansko Carstvo širilo se dalje da bi u 16. stoljeću obuhvatilo veći dio Slavonije, zapadne Bosne i Like.
U drugoj polovici 16. stoljeća, velika područja Hrvatske i Slavonije uz granicu Otomanskog Carstva pretvorena su u Vojnu krajinu, kojom je izravno zapovijedalo Dvorsko ratno vijeće u Grazu. Kako je Vojna krajina opustjela, tamo su naseljeni kršćanski prebjezi s osmanske strane granice: Hrvati i Vlasi (koji su se kasnije nacionalno oblikovali kao Hrvati i Srbi), a naseljeni su i Nijemci i drugi.
Nakon što je Bihać pao 1592. godine, samo su mali dijelovi Hrvatske ostali slobodni. Preostalih 16.800 km² nazivano je reliquiae reliquiarum olim inclyti regni Croatiae (ostaci ostataka nekad velikog hrvatskog kraljevstva). Turska vojska doživjela je svoj prvi veliki poraz u Hrvatskoj bitkom kod Siska 1593. godine. Izgubljena su područja postupno vraćena, osim velikog dijela današnje Bosne i Hercegovine.
U 18. stoljeću Osmansko Carstvo istjerano je iz Mađarske i Hrvatske, dok je Austrija dovela svoje carstvo pod središnju kontrolu. Carica Marija Terezija dobila je potporu Hrvata kroz Pragmatičnu sankciju i u Austrijskom nasljednom ratu (1741.-1748.) i zauzvrat pripomogla Hrvatskoj.
Kad je Mletačka Republika pala 1797. godine, njezini su posjedi na istočnom Jadranu postali predmet spora između Francuske i Austrije. Habsburzi su na kraju osigurali vlast (1815.), pa su djelovi hrvatskih zemalja pod imenom carskih pokrajina Dalmacije i Istre postali dijelom carstva. Potonje dvije pokrajine kasnijom su podjelom Habsburške monarhije na austrijski i ugarski dio potpale pod austrijski dio iako su bile istočno od Austrije, dok su druge hrvatske zemlje pod imenom carskih pokrajina Hrvatska i Slavonija potpale pod ugarski dio Monarhije.
1815-1918.
Detaljniji članak o temi: Hrvatska u 19. stoljeću i na početku 20. stoljeća
Grb zemalja krune Sv. Stjepana 1915.
Vojna krajina
Ban Josip Jelačić
Hrvatski narodni preporod krenuo je u 19. stoljeću protiv germanizacije, mađarizacije i talijanizacije Hrvatske i Hrvata. Ilirizam je obuhvatio mnoge utjecajne ljude u Hrvatskoj (i hrvatskog i nehrvatskog podrijetla!) 1830-ih godina i dalje, što je dovelo do reforme hrvatskog jezika i velikog razvoja kulture. Među najveće preporoditeljske uspjehe valja navesti ponovno uvođenje hrvatskog jezika kao službenog jezika u carskim upravnim jedinicama Dalmaciji i "Hrvatskoj i Slavoniji". Nakon što su mađaroni 1841. osnovali svoju horvatsko-vugersku stranku, Ljudevit Gaj osniva Ilirsku stranku. Međutim, već dvije godine kasnije ilirsko ime je zabranjeno. Gaj je primoran promijeniti ime stranke u Narodnu stranku. To je bio veliki udarac Ilirskome pokretu koji je težio okupljanju svih južnih Slavena pod Ilirskim imenom i time želio utjecati na status Slavena u Monarhiji.
Nakon revolucije 1848. i stvaranja dvojne monarhije Austro-Ugarske, Hrvatska je izgubila autonomiju, iako je ban Josip Jelačić pomogao da se suzbije mađarski ustanak. Hrvatska je autonomija vraćena 1868. kroz Hrvatsko-ugarsku nagodbu, koja je, unatoč dobivenoj autonomiji u nekim područjima, bila ugovor na štetu Hrvata ipak zanimljivost postaje da su u Austro-Ugarskoj samo Austrija, Ugarska i Hrvatska-Slavonija imale vlastitu vojsku dok ostali teritoriji Carstva ju nisu imali.
Austro-ugarske vlasti nisu nikad dopustile spajanje svih hrvatskih zemalja, unatoč željama hrvatskog stanovništva. Takav stav vlasti sve je više okretao Hrvate od odanosti Austro-Ugarskoj Monarhiji. Ipak, zahvaljujući radu "bana pučanina" Ivana Mažuranića, Vojna krajina je 1881. vraćena u sastav Hrvatske, odnosno teritorijalno i upravno postala je dijelom Trojedne kraljevine Hrvatske, Slavonije i Dalmacije.
U drugoj polovici 16. stoljeća, velika područja Hrvatske i Slavonije uz granicu Otomanskog Carstva pretvorena su u Vojnu krajinu, kojom je izravno zapovijedalo Dvorsko ratno vijeće u Grazu. Kako je Vojna krajina opustjela, tamo su naseljeni kršćanski prebjezi s osmanske strane granice: Hrvati i Vlasi (koji su se kasnije nacionalno oblikovali kao Hrvati i Srbi), a naseljeni su i Nijemci i drugi.
Nakon što je Bihać pao 1592. godine, samo su mali dijelovi Hrvatske ostali slobodni. Preostalih 16.800 km² nazivano je reliquiae reliquiarum olim inclyti regni Croatiae (ostaci ostataka nekad velikog hrvatskog kraljevstva). Turska vojska doživjela je svoj prvi veliki poraz u Hrvatskoj bitkom kod Siska 1593. godine. Izgubljena su područja postupno vraćena, osim velikog dijela današnje Bosne i Hercegovine.
U 18. stoljeću Osmansko Carstvo istjerano je iz Mađarske i Hrvatske, dok je Austrija dovela svoje carstvo pod središnju kontrolu. Carica Marija Terezija dobila je potporu Hrvata kroz Pragmatičnu sankciju i u Austrijskom nasljednom ratu (1741.-1748.) i zauzvrat pripomogla Hrvatskoj.
Kad je Mletačka Republika pala 1797. godine, njezini su posjedi na istočnom Jadranu postali predmet spora između Francuske i Austrije. Habsburzi su na kraju osigurali vlast (1815.), pa su djelovi hrvatskih zemalja pod imenom carskih pokrajina Dalmacije i Istre postali dijelom carstva. Potonje dvije pokrajine kasnijom su podjelom Habsburške monarhije na austrijski i ugarski dio potpale pod austrijski dio iako su bile istočno od Austrije, dok su druge hrvatske zemlje pod imenom carskih pokrajina Hrvatska i Slavonija potpale pod ugarski dio Monarhije.
1815-1918.
Detaljniji članak o temi: Hrvatska u 19. stoljeću i na početku 20. stoljeća
Grb zemalja krune Sv. Stjepana 1915.
Vojna krajina
Ban Josip Jelačić
Hrvatski narodni preporod krenuo je u 19. stoljeću protiv germanizacije, mađarizacije i talijanizacije Hrvatske i Hrvata. Ilirizam je obuhvatio mnoge utjecajne ljude u Hrvatskoj (i hrvatskog i nehrvatskog podrijetla!) 1830-ih godina i dalje, što je dovelo do reforme hrvatskog jezika i velikog razvoja kulture. Među najveće preporoditeljske uspjehe valja navesti ponovno uvođenje hrvatskog jezika kao službenog jezika u carskim upravnim jedinicama Dalmaciji i "Hrvatskoj i Slavoniji". Nakon što su mađaroni 1841. osnovali svoju horvatsko-vugersku stranku, Ljudevit Gaj osniva Ilirsku stranku. Međutim, već dvije godine kasnije ilirsko ime je zabranjeno. Gaj je primoran promijeniti ime stranke u Narodnu stranku. To je bio veliki udarac Ilirskome pokretu koji je težio okupljanju svih južnih Slavena pod Ilirskim imenom i time želio utjecati na status Slavena u Monarhiji.
Nakon revolucije 1848. i stvaranja dvojne monarhije Austro-Ugarske, Hrvatska je izgubila autonomiju, iako je ban Josip Jelačić pomogao da se suzbije mađarski ustanak. Hrvatska je autonomija vraćena 1868. kroz Hrvatsko-ugarsku nagodbu, koja je, unatoč dobivenoj autonomiji u nekim područjima, bila ugovor na štetu Hrvata ipak zanimljivost postaje da su u Austro-Ugarskoj samo Austrija, Ugarska i Hrvatska-Slavonija imale vlastitu vojsku dok ostali teritoriji Carstva ju nisu imali.
Austro-ugarske vlasti nisu nikad dopustile spajanje svih hrvatskih zemalja, unatoč željama hrvatskog stanovništva. Takav stav vlasti sve je više okretao Hrvate od odanosti Austro-Ugarskoj Monarhiji. Ipak, zahvaljujući radu "bana pučanina" Ivana Mažuranića, Vojna krajina je 1881. vraćena u sastav Hrvatske, odnosno teritorijalno i upravno postala je dijelom Trojedne kraljevine Hrvatske, Slavonije i Dalmacije.